Sí, usualmente es como dices. Considera el siguiente ejemplo, $X$ y $Y$ son dos copias del cono cerrado sobre el solenoide diádico, como son contractibles son acíclicos. Todas las componentes por trayectorias del solenoide diadico son líneas por lo tanto el solenoide diádico también es acíclico. Sin embargo, la suspensión sobre el diádico (Doble cono) no es acíclica. Por este ejemplo fue que Fico pidió que además $X$, $Y$ y $X\cap Y$ fueran conexos por trayectorias. Me parece que para usar Mayer-Vietoris hay que poner condiciones sobre la unión de los espacios y los espacios. (Por ejemplo que $X$ y $Y$ sean abiertos).