No existe una función $f$ que cumpla esa condición. Supongamos que sí.
Fijemos $x, y \in S$. Para casi cualquier $t$, tenemos que $f(x) f(t) f(y) = f(x^2 t^2) f(y) = f(x^4 t^4 y^2)$ y también $f(x) f(t) f(y) = f(x) f(t^2 y^2) = f(x^2 t^4 y^4)$.
(Para que se valgan todas esas igualdades $t$ debe cumplir $t \neq x$, $t \neq y$, $x^2 t^2 \neq y$, $x \neq t^2 y^2$ que solo elimina un número finito de posibilidades para $t$.)
Además, $f(x^2) f(x^2 t^4 y^4) = f(x^8 t^8 y^8) = f(y^2) f(x^4t^4y^2)$. Combinando nuestras igualdades, vemos que $f(x^2) = f(y^2)$, o sea que $f$ toma el mismo valor $c$ en todos los cuadrados perfectos.
Finalmente, como para $x \neq y$, $f(x^2) f(y^2) = f(x^4 y^4)$, tenemos que $c^2 = c$ y esto es imposible pues $c \in S$.