Hola Why. Te hablaré desde mi experiencia. Yo también tuve algunos líos con eso del LaTeX al trabajar con distintos sistemas operativos. En mi caso, había una maestra con la cual estaba dando clases de probabilidad y yo era su ayudante. Yo usaba Windows y ella Linux y siempre teníamos problemas pues cuando yo le pasaba la tarea a ella le desaparecían los acentos.
La razón era la siguiente. Para simplificarme la vida, yo había importado el paquete Babel y una herramienta más para poder escribir acentos y compilar directamente. Osea, "Considera la siguiente sucesión" se compilaba sin problemas en mi computadora. Sin embargo, el usar el caracter "ó" es justo lo que causa el problema pues distintos sistemas operativos lo "interpretan" de manera distinta.
En otra ocasión tuve un problema similar con mi tesis de licenciatura. En algun momento tuve que releer todo por que una versión que se compiló eliminó todos los acentos y "ñ". Todo un lío.
En fin, la conclusión a la que llegué es que lo mejor por hacer es acostumbrarse a usar la notación con diagonal, es decir, en vez de poner " ó ", poner " \'o ". Al principio es latoso, pero después de escribir algunos documentos se vuelve algo natural. Tan natural que a veces te econtrarás usando \'o en tus correos. Pero está bien, pues ese uso de acento ya es estandarizado y funcionará en cualquier sistema operativo.
Por el momento, te recomiendo usar la función "Buscar y reemplazar" de tu editor de TeX favorito y cambiar todos los " ó " por " \'o " (y todos los demás acentos). La "ñ" es \~n. Bueno, es mi opinión y es lo que más me ha servido a mi. Mucha suerte con eso.