Esto no es una respuesta y tal vez ya lo sepas, pero igual me parece interesante. Ademas sugiere cual podria ser una dificultad en el problema.
Sea $f:G\rightarrow H$ un isomorfismo, entonces $f$ induce un isomorfismo $f_*:F_k(G)\rightarrow F_k(H)$ de las graficas de fichas. El mapa $Iso(G,H)\rightarrow Iso(F_k(G), F_k(H))$ es en general no sobreyectivo. Es decir, hay isomorfismos de las graficas de fichas que no son inducidos por isomofismos de las graficas. Esto indica que en general $Iso(F_k(G), F_k(H))$ es mas grande que $Iso(G,H)$, en particular, podria suceder que el primero es no vacio y el segundo es vacio.