Me parece que estás usando el axioma de elección "al revés", es decir, tu razonamiento te permite hallar una función $\psi:\Gamma\longrightarrow\mathscr S$ (pues primero notas que para cada $\alpha$ existe el elemento de $\mathscr S$, y luego eliges); pero lo que necesitas es al revés. Y no se vale utilizar el inverso de $\psi$, ya que no hay garantía de que $\psi$ sea inyectiva. Sin embargo, si en vez de pedir que $R\in\mathscr S$ sea tal que $U_\alpha\cap R\neq\varnothing$, puedes pedir que $R\subseteq U_\alpha$ (porque $\mathscr S$ no sólo es una subbase, sino de hecho una base). Entonces es claro que cualquier función de elección será inyectiva, ya que los $U_\alpha$ son disjuntos a pares.