La respuesta es no. Voy a mostrarlo con $n=5$. Sean $a,b,c,d$ cuatro cosas distintas, y considérense los conjuntos
$A_1=\{a,b\}$
$A_2=\{a,c\}$
$A_3=\{b,c\}$
$A_4=\{b,d\}$
$A_5=\{a,d\}$
Puede checarse que estos conjuntos satisfacen las hipótesis (para esto hay que checar 20 posibles parejas $A_i\setminus A_j$ a patín, lo cual yo ya hice y dejo de ejercicio al lector), sin embargo se tiene que $\bigcup_{i=1}^5A_i=\{a,b,c,d\}$ el cual tiene menos de 5 elementos.
La pregunta es si $n=5$ contiene el mínimo contraejemplo. Sé que no hay contraejemplos si $n=2$ o $n=3$, a continuación mi demostración del caso $n=3$ (si $n=2$ esto es bastante fácil de probar): elíjase un $a\in A_1\setminus A_2$ y un $b\in A_2\setminus A_1$. Por razones obvias ($a\in A_1$ pero $b\notin A_1$) tenemos que $a\neq b$ [y si aquí le paramos, ya tenemos la demostración para $n=2$], ahora agárrese $c\in A_3\setminus A_1$. Sabemos que $c\neq a$, por lo que si corremos con la suerte de que $c\neq b$ entonces ya encontramos $a,b,c$ distintos pertenecientes a $A_1\cup A_2\cup A_3$. Si no corremos con tal suerte, entonces $c=b\in A_2\cap A_3$, pero si ahora agarramos $d\in A_2\setminus A_3$ entonces debe tenerse que $d\neq c$ (ya que $d\notin A_3$ pero $c\in A_3$) y también $d\neq a$ (ya que $d\in A_2$ pero $a\notin A_2$), por lo que $a,b,d$ serán tres elementos distintos que pertenecen todos ellos a $A_1\cup A_2\cup A_3$. En cualquiera de estos dos casos tenemos que dicha unión tiene al menos tres elementos.
Esto aún deja abierto el caso $n=4$. Si alguien más le quiere entrar a resolverlo, bienvenido.